こんにちは！保健所で飲食店許可を得ていると思いますが、自家栽培した野菜を使用して料理を提供すること自体は問題ないと思いますよ！ 

もちろんその野菜が食品衛生法6条（有毒・汚染等の理由で健康を損なう）や11条3項（基準値を超える農薬等）にひっかかるようなモノであればダメですが、そうじゃなければ、堂々と提供しちゃって大丈夫です！